Der Unternehmensbereich hat ein paar verschiedene Hauptfraktionen im Spiel, die zur Destabilisierung von New York City beigetragen haben. Die drei Hauptschurkenfraktionen sind die Rikers, bei denen es sich um entkommene Gefangene von Rikers Island handelt, die Cleaners, bei denen es sich um umherstreifende Killer handelt, die versuchen, New York „aufzuräumen“, und die LMB, eine abtrünnige Söldnergruppe.

Die Rikers sind eine der Hauptschurkenfraktionen, gegen die Sie gegen Ende des Spiels antreten GhostRobo führt die letzte Rikers-Mission durch und zeigt, was mit der Hauptbossin der Gruppe, Larae Barrett, passiert. Es handelt sich um ein 24-minütiges Video, das Sie sich unten ansehen können.

Offensichtliche Spoiler sind offensichtlich.

Die Spieler müssen sich den Rikers stellen, einer Gruppe von Kriminellen aus dem Gefängnis von Rikers Island.
Kapitän Benitez möchte, dass die Spieler einige seiner Männer retten, bevor sie die Mission abschließen. Im Lexington Event Center sind drei von den Rikers gefangene Geiseln verstreut.

Die Spieler begeben sich in das Lexington Event Center, um die Rikers auszuschalten und alle überlebenden Geiseln zu befreien. Unterwegs finden die Spieler einige Echoaufzeichnungen, um zu sehen, was in dem Gebäude passiert ist und wie die Rikers im Gebäude viele Polizisten und andere Menschen gefoltert und getötet haben, allesamt angeführt von der Anführerin der Rikers, Larae Barrett.

Nachdem die Spielergruppe durch das Lexinton Event Center in die Haupthalle gelangt ist, besiegt sie schließlich die Rikers und ihre Anführerin Laerae Barrett, nachdem sie die Geiseln befreit hat. Sobald die Mission beendet ist, können die Spieler das Lexington Event Center mit dem Wissen verlassen, dass die Rikers besiegt wurden.

Am anderen Hauptende erklärt die Ärztin Jessica Kandel der Spielerfigur, dass an einem Impfstoff gegen das Virus gearbeitet wird, das New York heimgesucht hat, und dass sie einen weiteren Virusangriff wie diesen nicht überleben können. Sie erwartet vom Spieler, dass er sich mit den Kräften auseinandersetzt, die die Verbreitung des Virus riskieren könnten … schon wieder. Sie können sich das einstündige Video von ansehen MKIceAndFire, das die wichtigsten Endmissionen und die Endsequenzen abdeckt.

Die Spieler müssen mit dem JTF-Kommandanten sprechen und das UN-Zentrum von den LMB-Söldnern zurückerobern. Dazu müssen sie durch einen unterirdischen Tunnelbereich gehen und in die Garage des UN-Sammelzentrums sprengen.

Das Hauptziel besteht darin, die Vereinten Nationen anzugreifen und die LMB, auch bekannt als The Last Manhattan Battalion, zu neutralisieren, eine private Militärgruppe unter der Führung von Charles Bliss.

Allerdings wird die LMB schließlich von Aaron Keener, einem Agenten der AWOL-Abteilung, verraten, der glaubt, dass die LMB „vorbei“ sind, und beschließt, den russischen Immunologen mitzunehmen und zu fliehen. Bliss befiehlt seinen Männern, Keener auszuschalten, und kommt aus seinem Versteck, um sich mit seinen Männern im UN-Generalversammlungsgebäude zu treffen.

Die Spieler finden heraus, dass Bliss sein Versteck verlassen hat, und beschließen, ihn auszuschalten, während sie die LMB-Streitkräfte vertreiben. Leider gelingt es Bliss, mit einem Hubschrauber zu fliehen und vom Dach des Gebäudes zu entkommen.

Die Spielercharaktere erreichen schließlich die Generalversammlung und greifen auf einen Laptop zu, wo sich herausstellt, dass die LMB „jeden“ im Auge behalten hat. Nachdem Bliss auf die Daten zugegriffen hat, kehrt er mit seinem Hubschrauber zum Gebäude der Vereinten Nationen zurück und umkreist den Innenhof, um die JTF-Streitkräfte auszulöschen.

Die Spieler kämpfen ein letztes Mal mit Bliss in einem epischen Kampf vor den Toren der Vereinten Nationen und bauen, während er als Blackhawk-Hubschrauber Raketen abfeuert und auf Spieler auf der anderen Seite des Hofes schießt. Spieler können die Türme rund um den Hof zusammen mit ihren Standardwaffen nutzen, um Bliss' Hubschrauber abzuschießen.

Nachdem er den Hubschrauber abgeschossen hat, stürzt dieser in ein nahegelegenes Gebäude, explodiert in Stücke und tötet dabei Commander Charles Bliss.

Kapitän Benitez gratuliert der Spielergruppe zum Sieg über den LMB-Anführer und stellt fest, dass die größten Bedrohungen für New York besiegt wurden. Dies führt dann dazu, dass Spieler die Möglichkeit haben, an Endspielinhalten wie der Dark Zone teilzunehmen.

Aaron Kenner gelingt jedoch die Flucht mit dem russischen Arzt, und die JTF ist immer noch auf der Suche nach ihm, zusammen mit dem Bioterroristen Gordon Amherst, dem ebenfalls die Flucht gelang.

Auch wenn es so aussieht, als wäre es das Ende, stellt sich heraus, dass in der Nähe der Dark Zone ein unbekanntes Signal gesendet wird. Als die Spieler das unbekannte Signal untersuchen, stellt sich heraus, dass es sich bei der Person, die das Signal aussendet, um niemand anderen als Aaron Kenner handelt. Der Unternehmensbereich Agent-Deserteur. Keener ist jedoch nicht persönlich anwesend, er hat ein Echogerät hinterlassen, das seine Absichten erklärt. Er erklärt, dass es so sei, als würde man in der Division an der Leine bleiben, und dass, als der Black-Friday-Virus über die Region fegte, nur die Sträflinge, Mörder und PMCs überleben konnten und dass er einer der Überlebenden war.

Keener hat den Immunologen zusammen mit einer DNA-Probe und einem „Rezeptbuch“, das auf Amherts biochemischen Forschungen basiert, und plant, seine eigenen Regeln aufzustellen. Das Echo endet damit, dass Keener sagt, dass der Spielercharakter sich „auf diese Sache einlassen“ sollte, bevor er die Wohnung verlässt und das Signal sendet.

Nach dem Verlassen der Wohnung gibt es eine weitere kurze Videonotiz mit Amhersts persönlichen Notizen zu dem Virus, der vom Laptop in der Wohnung aufgenommen wurde. Er erklärt im Video, wie Viren funktionieren und wie Viren zur Kontrolle der Bevölkerung eingesetzt werden können. Amherst glaubt, dass das Virus darüber entscheiden wird, wer lebt und wer stirbt und wer es verdient zu überleben. Er beendet das Video mit der Aussage, dass er die Spieler in der Hölle sehen wird.